Dziesiąty Doktor

Epizod Donny Noble
Doktor jest w żałobie po Rose, gdy we wnętrzu TARDIS pojawia się panna młoda – Donna Noble, wyrwana ze ślubu z Lance’em Bennettem. Nie zdąża na ślub, ale Doktor transportuje ją na wesele, które toczy się bez panny młodej. Podczas piosenki Love Don’t Roam, której słowa mówią o podróżach, zmęczeniu i drogiej dziewczynie, która zabiera wędrowca do domu, Doktor wspomina wspólne chwile z Rose. Próbując odkryć związek Donny z sercem TARDIS, do którego została przyciągnięta, trafia do firmy H.C. Clements, gdzie odkrywa całą tajemnicę małżeństwa Lance’a i Donny. Okazuje się bowiem, że Donna od dawna jest wykorzystywana jako inkubator cząstek huonowych, potrzebnych do ożywienia Racnossów uwięzionych we wnętrzu Ziemi na początku jej powstania. Donna pojawiła się więc w TARDIS przez owe cząstki, które znajdują się także we wnętrzu TARDIS i zadziałały jak magnes. Lance współpracuje z Racnossami, jego małżeństwo z Donną okazuje się więc jedynie częścią wielkiego planu. Cesarzowa Racnossów nie zgadza się na żadne ugody, dlatego ciemniejsza strona Doktora bierze górę – Władca Czasu za pomocą wody z Tamizy zalewa całą podziemną część budynku, w którym znajduje się Cesarzowa Racnossów wraz z potomstwem. Donna w ostatnim momencie wykazuje się rozsądkiem i prosi, by przestał. Kiedy Cesarzowa próbuje atakować Londyn swoją gwiazdą z pajęczyn, wojsko z rozkazu „pana Saxona” wystrzeliwuje w jej kierunku pociski, ostatecznie ją zabijając.

Po odstawieniu Donny do domu Doktor otrzymuje propozycję pozostania na kolację wigilijną. Zapytana o podróżowanie z nim Donna nie zgadza się mówiąc, że Doktor ją przeraża – zarówno wymierzając śmierć Racnossom, jak i wpływając na zjawiska atmosferyczne. Żegnając się, prosi go o jedno: by kogoś sobie znalazł. Gdy Doktor odpowiada, że nikogo nie potrzebuje, Donna mówi: „Myślę, że potrzebujesz. Potrzebujesz kogoś, by czasami cię powstrzymał”.

Era Marthy Jones
Badając zestaw cewek plazmowych, Doktor znajduje się w Royal Hope Hospital, w którym poznaje studentkę medycyny, Marthę Jones (Smith and Jones). Razem udaje im się uratować szpital podczas najazdu Judoonów i ataku Florence Finnegan, która okazuje się być Plazmożercą. Doktor wraca więc po studentkę, wyrywając ją z rodzinnego spotkania, by zaoferować jej jedną podróż w ramach podziękowania.
Razem z Marthą Doktor przeżywa ekstremalne przygody, bowiem jedną podróż bohater zamienia na podróż w przeszłość i w przyszłość. Razem spotykają Shakespeara i czarownice (gdzie przy okazji Doktor ponownie spotyka Królową Elżbietę, każącą swoim ludziom go zabić – w końcu został wygnany), Twarz Boe, który mówi Doktorowi przed śmiercią cztery słowa: „You are not alone” („Nie jesteś sam”), Daleków z kultu Skaro i ich niewolników przypominających świnie, a także wynalazcę maszyny dającej nieśmiertelność – Lazarusa. Doktor przyzwyczaja się do Marthy jako towarzyszki i ufa jej do tego stopnia, iż powierza jej swoje życie, gdy postanawia ukryć się przed Rodem Krwi, zmieniając się w człowieka (Family of Blood). Tymczasem jednak Martha zakochuje się w nim.
Doktor za sprawą zegarka zmienia się w człowieka, aby uchronić od furii Władcy Czasu Rodzinę Krwi, która pożąda jego ciała dla uzyskania nieśmiertelności. Przybiera nazwisko John Smith i zatrudnia się jako nauczyciel w 1913 roku, w Anglii, całkowicie tłumiąc swoje prawdziwe ja. Zatrudnia Marthę jako swoją służącą, jest ona bowiem jedyną osobą, która zna prawdziwą historię Doktora. On sam nie pamięta go, jednak co nocy o nim śni, zapisując treść swoich snów w dzienniku, w którym także rysuje – widzimy tam Daleków, Cybermenów, TARDIS, droidy naprawcze, a także twarz Rose Tyler. Gdy siostra przełożona, Joan, która potem się w nim zakochuje, pyta go o dziewczynę, John Smith odpowiada, że nazwał ją Rose, lecz później ona znika. Co ciekawe, John nie pamięta nazwy TARDIS ani innych stworzeń, o których opowiada – Rose jest jedyną osobą, której imię pamięta. Kiedy sytuacja tego wymaga, Martha przypomina Johnowi o jego prawdziwym życiu, ten jednak początkowo nie chce wierzyć, potem zaś boi się zmiany, uważając Doktora za strasznego, samotnego człowieka. Joan przekonuje go, że powinien wybrać prawdziwego siebie. W ostatnich chwilach bycia człowiekiem John i Joan razem dotykają zegarka, widząc możliwą wspólną przyszłość – dom, dziecko i spokojną śmierć. Ostatecznie jednak Doktor decyduje się zmienić.
Innym razem Doktor i Martha ostrzegają Sally przed Płaczącymi Aniołami (Blink). Okazuje się, że posągi poruszają się, gdy nikt na nie nie patrzy. Dotykając człowieka przenoszą go w przeszłość, żywiąc się energią dni, które potencjalnie pozostały mu w teraźniejszości.
Podczas kolejnej podróży w celu zatankowania TARDIS, gdy Doktor zatrzymuje się w Cardiff, dostrzega nieśmiertelnego Kapitana Jacka Harknessa (Utopia/The Sound of Drums). Władca Czasu postanawia uciec i odlatuje, Jack jednak chwyta się TARDIS i przenosi się w czasie razem z nią. TARDIS źle reaguje na pasażera-gapowicza i leci do roku 100 000 000 000 000 – do końca Wszechświata. Tam Doktor wraz z Marthą i Jackiem spotykają profesora Yanę, który ze swoją towarzyszką Chantho pracuje nad projektem Utopia. Kiedy Doktor opowiada o podrożach w czasie, TARDIS i Władcach Czasu, profesor zdaje się coś sobie przypominać. Martha zauważa u niego zegarek Władców Czasu, o którym profesor mówi, że zupełnie nie pamięta, po co go nosi, skoro i tak jest zepsuty. Martha mówi o tym Doktorowi, lecz jest już za późno – profesor Yana otwiera zegarek i poznaje swoją prawdziwą tożsamość. Imię Yana okazuje się bowiem skrótem od słów Twarzy Boe: „You are not alone” („Nie jesteś sam”), a profesor w rzeczywistości jest Władcą Czasu – Mistrzem. W tej formie zamyka się w TARDIS i za przyczyną pocisku wystrzelonego z pistoletu przez Chantho regeneruje się. Doktor blokuje TARDIS, by mogła przemieszczać się jedynie między obecnym położeniem a poprzednią lokalizacją, Mistrz ucieka, a trójka bohaterów przemieszcza się za nim za pomocą manipulatora czasowego na ręce Kapitana.
Mistrz okazuje się być premierem urzędującym pod nazwiskiem Harold Saxon. Sprowadza na Ziemię Toclafane i rozpoczyna egzekucję jednej dziesiątej ludzkości. Więzi Doktora, Marthę i Jacka, a po nieudanym spisku postarza Doktora za pomocą laserowego śrubokrętu, Martha zaś udaje się na misję po kilku słowach, które Doktor szepcze jej na ucho.
Po przebyciu tysięcy kilometrów Martha zostaje schwytana przez Mistrza, który niszczy broń, rzekomo przygotowywaną do jego egzekucji. Władca Czasu sprowadza dziewczynę na statek, na którym przetrzymuje jej towarzyszy i rodzinę, planując zabić ją na oczach wszystkich. Okazuje się jednak, że celem Marthy było wykorzystanie energii psychicznej ludzi, którzy w jednym momencie zaczynają powtarzać imię Doktora. Ten powraca do swojej poprzedniej formy i triumfuje, zamierzając mimo wszystko wybaczyć Mistrzowi. Żona Saxona jednak wymierza do niego z pistoletu, Mistrz umiera, a Doktor postanawia spalić jego ciało.
Po tej historii Martha opuszcza Doktora twierdząc, że rodzina jej teraz potrzebuje. Doktor rozumie ją, Martha wychodzi więc z TARDIS. Cofa się jednak, by powiedzieć Doktorowi o swoich uczuciach i prawdziwym powodzie odejścia.